Сплинтер (англ. Splinter) — сенсей черепашек, практически заменивший им отца, крыса-мутант. В некоторых версиях (комикс, первая экранизация) Сплинтер — домашняя крыса, обучившаяся искусству ниндзюцу от своего хозяина Хамато Йоши. В других (мультфильм) Сплинтер — бывший человек Хамато Йоши, под воздействием мутагена превратившийся в крысоподобное существо. Имя Сплинтера — пародия на Стика, наставника Сорвиголовы.
Шреддер (англ. Shredder) — злобный мастер-ниндзя по имени Ороку Саки, который стоит во главе клана Ноги. Противник Сплинтера и Черепашек. В комиксах и первой экранизации Шреддер — виновник смерти Хамато Йоши, в мультсериале 1987 года — мутаций черепах и Сплинтера, в мультсериале 2003 года — злой утром (инопланетянин-преступник).
Микеланджело (англ. Michelangelo) — добродушный и беззаботный Микеланджело — главный комик в команде, чемпион битвы Нексус, отчего считает себя самым способным в команде и не очень любит тренировки. Любит читать комиксы и есть пиццу, обожает экстрим (скейтбординг в том числе). Любит повторять «Кавабанга, чувак!». Микеланджело носит оранжевую маску и владеет парой нунтяку. Его назвали в честь Микеланджело Буонарроти[4].
Донателло (англ. Donatello) — учёный-любитель, исследователь и «просто гений», Донателло имеет репутацию заумного парня. Он, возможно, наименее агрессивный в команде, поскольку предпочитает разрешать конфликты мирным путём. Носит фиолетовую маску и владеет шестом-бо. Его назвали в честь скульптора Донато ди Никколо ди Бетто Барди[5].
Леонардо (англ. Leonardo) — неформальный лидер черепашек, храбрый, решительный и преданный. Как строгий приверженец бусидо, он очень чётко следует правилам чести. Он носит синюю маску и владеет мечом «ниндзя-то» (ошибочная версия- катана). Его назвали в честь Леонардо да Винчи[4].
Рафаэль (англ. Raphael) — в ранних комиксах изображался как агрессивный и подозрительный ниндзя, ревнующий к лидерству Леонардо, что в некотором смысле осталось и в мультфильме 2003 года. В мультсериалах и последующих работах характер Рафаэля изменился. Авторы придали ему наклонности философа и своеобразное чувство юмора, которое он проявляет, комментируя происходящее в парадоксальной манере. Рафаэль носит красную маску и владеет парой кинжалов-сай. Его назвали в честь Рафаэля Санти[4].
Эйприл О’Нил (англ. April O'Neil) — в первом мультсериале — репортёр Шестого канала, подруга Черепашек, рыжеволосая красивая девушка. Имеет отличное репортёрское чутьё, что позволяет ей всегда быть в центре событий. При этом постоянно попадает в опасные для жизни ситуации, из которых её выручают черепашки. Во втором сериале учёная, работавшая с Бакстером Стокманом, которую Черепашки спасли от роботов. В полнометражном мультфильме 2007 года — археолог.
Ирма — героиня первого мультсериала, сотрудница Шестого канала. Малопривлекательная внешне, но очень влюбчивая девушка, приятельница Эйприл.
Берн Томпсон - начальник 6го канала в первом мультсериале. Не любит черепашек и всегда видит в них скрытую угрозу, несмотря на их подвиги. Использует любую возможность выставить их публично в плохом свете
Кейси Джонс (англ. Casey Jones) — герой-одиночка, ставший ближайшим другом черепашек. Кейси сражается спортивными принадлежностями (бейсбольной битой, клюшкой для гольфа, хоккейной клюшкой и т. д.). Он носит хоккейную маску вратаря, чтобы скрыть своё лицо. Назван в честь фольклорного героя Дикого Запада, машиниста паровоза Кейси Джонса. В мультсериале 1987 появляется лишь несколько раз, зато становится главным героем в мультсериале 2003 года.
Крэнг (англ. Krang) — персонаж первого мультсериала — инопланетянин из Измерения Х, союзник Шреддера. Обитает на своей станции в Измерении Х, позднее во льдах Арктики. Выглядит как мозг с щупальцами. Передвигается, управляя роботом-экзоскелетом, в котором находится. Придумывает злодейские планы, исполнять которые посылает Шреддера. Сам вступает в бой крайне редко. Во втором сезоне нового сериала есть одноимённый утром, который сетовал на то, что не любит ходить на щупальцах.
Бибоп и Рокстеди (англ. Bebop and Rocksteady) — персонажи первого мультсериала — носорог и кабан-мутанты, помощники Шреддера, бывшие панки. Амплуа — «тупые подручные главного злодея». Имена — названия музыкальных жанров, бибопа и рокстеди соответственно.
Бакстер Стокман — безумный учёный, отличавшийся особой ненавистью к животным, создал мышероботов — маусеров, убийц крыс и черепах. В мультсериале 1987 года — психопат, вечно мешающий Шредеру, приспешник Шредера. В мультсериале 2003 года — гениальный учёный, у которого раньше работала Эйприл. В каждом из сериалов с ним происходили изменения. В старом он превратился в гигантскую человекоподобную муху, а в сериале с 2003 года ему отрезали различные части тел за ошибки, оставив в конце только мозг. Что, в принципе, не помешало его хозяевам менять потом уже его роботизированную внешность.
Картер - байкер, обнаруживший самостоятельно убежище черепашек, чтобы совершенствовать свои боевые искусства у Сплинтера. Случайно облив себя мутагеном, получил возможность превращаться в жёлтого силача. Является верным помощником черепашек на протяжении последних двух сезонов мультсериала 1987 года.
Лорд Дрегг - инопланетный военоначальник, использующий сверхразвитые технологии. Выдаёт себя за космического благодетеля, однако на самом деле строит планы порабощения Земли. Основной враг черепашек на протяжении последних двух сезонов первого мультсериала, пришедший на смену побеждённому Шреддеру.
Крысиный Король — появляющийся в нескольких сериях персонаж, обычно исполняет роль антагониста. Внешне — человек, имеет власть над крысами. Образ, скорее, соответствующий Гаммельнскому Флейтисту, чем крысиному королю.
Усаги — молодой кролик самурай, появлялся в обоих мультсериалах. В первом 1987 года, попал в мир черепашек из другого измерения. В сериале 2003 года, был участником битвы Нексуса и другом Леонардо.
Хан: помощник Шреддера главарь банды пурпурные драконы появился только во второй части мультсериала черепашки.